制药企业主要包括生物制药、化学制药、中药制药、制剂制药等，废水来源于生产过程排水、冲洗水、生活污水、提取液和残留废水。制药废水中含有大量的悬浮物、残留药物、氨氮、无机盐、添加剂等。中间产物多，副产物也多。成分复杂，具有有机物含量高，生物毒性强，间歇排放，水质水量波动大，可生化性差等特点。部分的制药废水中还含有大量的重金属、色度重、气味大、毒害腐蚀作用强。在前期的废水预处理过程中，需要对水质和水量进行完全的调节。也就是将废水的水质调节到可生化的标准范围，水量控制在设计的工艺要求之内。
众所周知，制药废水的预处理技术主要包括物理和化学方法，可以单独使用，也可以串联作用。物理法在废水预处理中相对安全有效而且成本低，比如常见的混凝沉淀，就是靠向废水中添加适量的混凝剂的方法，破坏胶体的稳定性使得废水中的悬浮颗粒物能够相互碰撞凝结成絮状的物质，在重力的作用下沉降下来并将污泥转移出去。在色度比较高的中药制药废水处理中会经常用混凝法来沉淀悬浮物。除了依靠悬浮颗粒的重力作用外，也有依靠气泡的浮力作用粘附废水中的油脂类物质上升到液体表面，通过专有的刮渣系统实现最大程度上的固液分离。物理方法还有很多，比如吸附、膜过滤等，这里就不一一列举了，它在预处理过程中起着非常关键的作用。
预处理制药废水使用物理方法固然能够减少二次污染降低成本，但它的作用还是有限的。为了让废水能够达到可生化的程度，还会使用到化学氧化的方法。顾名思义，化学氧化就是使用化学试剂的作用将废水中的有机物氧化降解为小分子有机物和其他无机盐类。常见的化学氧化工艺有铁碳-芬顿、电化学氧化法、臭氧氧化法等，在使用化学法处理废水有机物的时候，需要注意影响因素的控制条件和试剂用量问题，尽可能的避免二次污染发生。比如，在使用芬顿试剂法的时候，就要确定好Fe2+和H2O2的用量和比例。在此之前，就要估算好废水的水量以及水质中有机污染物成分和浓度。芬顿法的作用时间比较长，为了提高处理效率，往往会和其他物理方法一起联合使用。
前期的处理可以将废水毒性和腐蚀程度大幅降低，减少对管材和设备的影响，延长使用寿命。生化阶段是靠微生物的作用来进行代谢净化的，这就需要培养驯化专门的微生物菌种。改善微生物反应的条件以保证废水能够在生化阶段取得显著的效果。
生化处理包括厌氧和好氧两个阶段，常见的方法就是活性污泥法。好氧阶段使用的活性污泥法包括序批式间歇活性污泥法（SBR），循环曝气活性污泥工艺（CASS）、接触氧化法、膜生物氧化法等，传统的活性污泥法由于耐冲击负荷低、容易发生污泥膨胀，逐渐被新型的工艺所取代。在进行好氧处理法之前，必然要进行厌氧处理的。厌氧法的主要代表就是升流式活性污泥法（UASB），它的结构简单，经济环保，处理效率高，一直成为制药废水处理行业的必备工艺。第三代IC反应器是在第二代的基础上研发生产出来的，解决了废水厌氧处理过程中负荷量小和污泥流失量大的问题。
