1、样本准备过程中防止蛋白质降解和保留翻译后修饰
样本准备过程中,细胞会释放蛋白酶和/或去磷酸化酶,为了减少这些酶的活性,处理样本的过程应在冰上进行,并预先冷却所有缓冲液,并且建议用含蛋白酶和磷酸酶抑制剂的裂解缓冲液。
2、磷酸化特异性抗体的选择
选择磷酸化特异性抗体时,选择所要检测位点的磷酸化抗体至关重要。
磷酸化都会使蛋白质的分子量增加80Da,检查抗体是否检测到磷酸化靶蛋白的分子量正确的条带也很重要。
3、诱导磷酸化
课题设计可能需要在收获前刺激细胞,以确保蛋白质被磷酸化。
例如,在特定细胞信号传导途径激活后,靶蛋白可能在目的位点被磷酸化。
4、浓缩样品
当观察相对罕见的磷酸化事件时,可以使用最小体积的裂解缓冲液来裂解样品达到浓缩的目的。
如果目的蛋白质的亚细胞位置已知,例如,如果您的蛋白质位于细胞核中,您可以先进行细胞分级分离,仅将细胞核裂解组份进行蛋白质印迹实验。
您也可以考虑使用针对您感兴趣的蛋白质的抗体进行免疫沉淀(IP),而不管磷酸化状态如何。
5、优化封闭液
为您的抗体选择最佳的封闭试剂。
对于磷酸化分析,可以从含酪蛋白或BSA的TBS缓冲液开始。
使用牛奶会导致更高的背景,因为它含有的蛋白质可能会干扰磷酸化蛋白质的目标检测。
其他封闭试剂如鸡卵清蛋白,鱼明胶和市售合成封闭试剂也可提供可行的替代方案。
在计划磷酸化蛋白质印迹实验时,重要的是要记住,没有一种适合所有样品的封闭液。
6、转印膜的选择
可以将蛋白质转移到硝酸纤维素或PVDF膜上。
PVDF膜具有高机械强度,需要膜剥离和再杂交时使用,通常情况下,当您使用总蛋白作为磷酸化靶标的上样对照时。
由于PVDF具有比硝酸纤维素更高的结合能力,因此优选用于低丰度的磷酸化靶标。
然而,PVDF的结合能力增强也意味着与硝酸纤维素相比,您有可能看到更高水平的非特异性结合和背景。
如果您正在进行全蛋白内参归一化或使用荧光二抗,建议使用低荧光背景PVDF(LF PVDF)膜。
7、洗涤
用于执行洗涤步骤的缓冲液的类型也可以对信号与背景产生影响。
通常,与基于磷酸盐缓冲液(PBS)相比,使用基于tris缓冲液(TBS)通常可以产生更强的信号。
注意,PBS中磷酸根离子的存在可能干扰来自磷酸化靶蛋白的信号。
在洗涤缓冲液中加入Tween-20等洗涤剂也有助于去除非特异性结合在膜上的物质。
8、总蛋白质的检测
使用检测目标蛋白总水平的抗体,可以确定相对于总目标蛋白的磷酸化比例。
这使您可以比较不同处理的影响,并提供内参。
9、总蛋白内参归一化
总蛋白内参归一化是一种用于量化目标蛋白质丰度的技术。
这涉及将条带灰度值按照样品中总蛋白质进行标准化。