目前国内城市污水处理厂普遍采用紫外线消毒方式对污水处理厂的出水进行消毒。但从实际运营上发现紫外线消毒存在以下问题：
（1）紫外线消毒系统无后续杀毒能力。当处理水离开反应器之后，一些被紫外线杀伤的微生物在光复活机制下会修复损伤的DNA分子，使细菌再生。
（2）紫外灯石英套管污染。当污水流经UV消毒器时，其中有许多无机杂质会沉淀、粘附在套管外壁上。尤其当污水中有机物含量较高时更容易形成污垢膜，而且微生物容易生长形成生物膜，这些都会抑制紫外线的透射，影响消毒效果。
为此，选择污水处理紫外消毒设备时应注意的问题主要有：
（1）灯管的选择
灯管的选择应注意两个方面：一是单支灯管的UVC输出强度，该值越高则所需要的灯管数量越少，投资和运行维护费用也就越低。一般说来，高强度汞灯的输出强度高，优于低强度汞灯。二是UVC电光转换效率，它包括灯管消耗的电能转换为光能的效率和光能中253.7nm波长（UVC）部分所占的比例。低压汞灯的紫外输出主要集中在253.7nm，而中压汞灯的紫外输出主要集中在366nm，且中压汞灯的发热量很大，因此低压高强度汞灯的电光转换效率高于中压高强度汞灯。
（2）传感器及实时调节系统的选择
污水处理厂的水量、水质波动较大，因此进行UVC输出强度的实时调节对节约电耗和延长灯管寿命意义重大，这主要通过灯管的可变输出和传感器的真实反馈来实现。就传感器进行真实反馈而言，其位置和波长的选择性极为重要,能真实反映微生物实际接受的UVC照射强度的传感器应是放置在水中的（与微生物处于同一位置），并且只监测253.7nm波长强度。
（3）自动清洗系统的选择
污水处理厂紫外消毒系统的清洗有人工清洗、自动机械清洗和自动化学清洗三种，由于人工清洗要中断消毒且工作量大，操作时易损伤灯管，间隔时间长（自动清洗一般1～2次/h），故无法保证石英套管所必需的Zui低综合透光率，因此除极个别特殊情况外极少使用。自动清洗系统的选择与所使用的灯管有关，中压高强度灯管的温度在600～900℃，结垢严重，必须采用化学清洗；低压高强度灯管的温度低于110℃，结垢量和速度都远远低于中压高强度灯管，因而可采用机械清洗，且在1～2次/h的清洗频率内就不会结垢。
（4）二次污染及事故污染
正常运行时的二次污染来自化学清洗系统中的清洗剂，事故情况下的二次污染发生在灯管破损时汞进入水中，以及液压驱动的自动清洗系统发生泄漏。汞灯使用固态汞合金（固定粘附在灯管两端的突起点），当灯管破损时不会像液态汞那样流到水中，只需将粘附着汞合金的石英碎片打捞出来即可。研究表明，该汞合金在污水中长期浸泡后水中汞的本底浓度未见升高。此外，该系统采用压缩空气为动力的自动机械清洗系统，不存在运行期间和事故泄漏造成二次污染的问题。