次氯酸钠发生器的灭菌杀病毒原理大致有如下三种作用方式：
次氯酸钠发生器消杀最主要的作用方式是通过它的水解形成次氯酸，次氯酸再进一步分解形成新生态氧，新生态氧的极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，次氯酸钠发生器从而致死病源微生物。
其实，氯气消毒的原理也主要是以产生出次氯酸，然后释放出新生态氧的方式。
其次，次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，次氯酸钠发生器不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌(病毒)体内，与菌(病毒)体蛋白、核酸、和酶等有机高分子发生氧化反应，次氯酸钠发生器从而杀死病原微生物。
同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，次氯酸钠发生器使其细胞丧失活性而死亡。
此外，次氯酸钠发生器还能够分解蔬菜、水果等农副产品上所残存的微量农药。
绝大多数农药都是由有机物组成的，次氯酸钠发生器所释放出来的新态氧能氧化分解掉这些物质。
次氯酸钠发生器这无疑对现代农业、果蔬包装业的发展具有重大推动作用。
还有值得肯定的是，由于次氯酸钠发生器所生产的消毒液中不象氯气、二氧化氯等消毒剂在水中产生游离氯，所以一般难以形成因存在游离氯而生成不利于人体健康的致癌物质；也不象臭氧那样只要空气中存在很微弱的量(0.001mg/m3)便会对生命造成损伤和毒害；而且，还不会象氯气同水反应会最后形成盐酸那样次氯酸钠发生器对金属管道造成严重腐蚀