因为每次探头插入样品的深度区别，每次超声的能量散布也不尽雷同，影响试验成果的反复性和正确性。
另外，因为不能采取封锁体系，在超声进程中发生的气雾或者泡沫会扩散到环境中，造成潜伏的生物危险。
超声波粉碎机应用留意事项： 一、严禁在超声波粉碎机的变幅杆未插入液体内(空载)时开机，否则会破坏换能器或超声产生器。
二、对各类细胞破裂量的几多，时光长短，功率巨细，有待客人依据各类区别细胞再探索断定，拔取最佳值。
三、超声波粉碎机采取无工频变压器开关电源，在开启产生器机壳后切勿乱摸，以防触电。
本仪器机能可靠，通常不易破坏。
四、在超声破裂时，因为超声波在液体中起空化效应，使液体温度会特别快升高，建议采取短时光(每次不跨越5秒)的多次破裂，同期可外加冰浴冷却或选配本公司的低温轮回泵。
五、功率表显示的数值与电压、变幅杆插入液面深度及负载与被破裂样品的浓度、稠度有关，变幅杆插入液面较深，负载浓度较大，显示数值可能要稍小，反之稍高。
六、短时光的多次工作比持续长时问工作的后果要好，为避免液体发烧，可设定较长的间隙时光，不中断长时光工作轻易形成空载，缩短超声波粉碎机的应用寿命。